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廢水處理系統主要分成六個處理單元，即收集系統、前處理單元、生物處理單元、三級處理單元、污泥處理單元及其他附屬處理單元。前處理單元可分為倒槽廢水及製程廢水，在去除懸浮固體物與調整水量後，接至生物處理單元做後續處理；生物處理單元以處理有機性廢水為主，利用微生物物分解有機物的原理去除有機污染物；三級處理單元主要包含砂濾及活性碳，可進一步去除水中懸浮固體物、臭味、色度及COD，最後放流至業主指定之排放點；污泥處理單元主要就前述各廢水處理單元產生之廢棄污泥予以脫水至含水率約在80％左右；其他附屬處理單元則包括加藥單元、公用單元及其他設施等。
廢水處理至放流水標準達行政院環保署90年11月21日公告之〝放流水標準修正條文〞第二條規定之各項排放要求。
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